Uoči raspada SSSR-a, Tadžikistan je bio pogođen značajnim etničkim i regionalnim podelama, koje su ometale osećaj pripadnosti stanovništva istoj zemlji. Odsustvo suvereniteta nad gradovima Buhara i Samarkand, prestižnim kulturnim nasleđem koje je većinski naseljeno Tadžicima, ali se nalazi u Uzbekistanu, takođe je predstavljalo prepreku, kao i činjenica da više Tadžika živi u Avganistanu nego unutar granica zemlje. Pored toga, formiranje nacionalnog identiteta nailazilo je na prepreke zbog traume građanskog rata koji je obeležio prve godine nezavisnosti zemlje. Unutrašnje podele su se pretvorile u političku krizu nakon odluke predsednika Tadžikistanske sovjetske socijalističke republike, Kakhora Makhkamova, da podrži pučiste u avgustu 1991. protiv generalnog sekretara Komunističke partije Sovjetskog Saveza Mihaila Gorbačova. U mesecima koji su usledili, nova centralna vlast zemlje suočila se sa heterogenom opozicijom koja je tražila zabranu Komunističke partije. U maju 1992. godine, prvi oružani sukobi izbili su između dva radikalizovana tabora: provladin Narodni front Tadžikistana (FPT), sastavljen od Kudžandisa (dominantne grupe na severu), Kulabisa (na jugu) i Hissarisa (oko Dušanbea), protiv Ujedinjene tadžikistanske opozicije (OTU), koja je obuhvatala četiri antikomunističke stranke, među kojima je dominirao Islamski pokret preporoda Tadžikistana (PRIT, osnovan 1990), kao i Rubis Badakhšana, autonomaški pokret Pamira. Građanski rat je okončan u junu 1997. godine zahvaljujući posredovanju Rusije i Irana. Predsednik Rahmon, koji je ponovo biran sa više od 80% glasova, svoju legitimnost temelji na tituli „osnivača mira i nacionalnog jedinstva“, ali odbija da otvori bilo kakav politički prostor opoziciji. Nakon godina pooštravanja režima, PRIT je konačno zabranjen 2015. godine.
